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La Inquisición toma su nombre de un procedimiento penal específico: La inquisitio, no existente en el derecho romano, que se caracterizaba por la formulación de una acusación por iniciativa directa de la autoridad, sin necesidad de instancias de parte, es decir, sin necesidad de delaciones o acusaciones de testigos.
El papa Lucio III promulgó en 1184 la bula Ad abolendam y en ella se ordenaba a los obispos “hacer inquisición en busca de herejías”.
El primer tribunal inquisitorial para juzgar delitos contra la fe fue autorizado por el Papa Honorio III en 1220 a petición del Emperador Alemán Federico II de Suabia, que reinaba en el sur de Italia y Sicilia.
La Inquisición como tal, se constituyó hasta 1231, con los Estatutos Excommunicamus del Papa Gregorio IX.
La expulsión de los judíos en 1483 con un plazo de 6 meses de las diócesis de Sevilla, Cádiz y Córdoba así como la salida total de los mismos de España mediante el Edicto firmado por los Reyes Católicos el 31 de marzo de 1492, demuestran, en mi concepto, que la Inquisición y la Expulsión tenían como objetivo acabar con el judaísmo peninsular, entre otros puntos.
La Inquisición en América. El Rey Felipe II, por Real Cédula del 25 de enero de 1569 crea los Tribunales de México y Lima, la Inquisición Española cruza el Atlántico y actúa en América tan severamente como en Europa.
Las torturas, declaraciones anónimas, las condenas sin derecho a defensa, los autos de fe de Lima y México, los obsesivos procesos reflejan uno de los períodos más dolorosos en la historia de este continente. La Inquisición tuvo un matiz diferencial en cuanto a la rigurosidad o intolerancia religiosa. Fenómenos tales como el criptojudaísmo y la inmigración portuguesa de nuevos cristianos fueron factores importantes. Las persecuciones desatadas por el Santo Oficio en Lima en 1627, se conocieron con el nombre de “Complicidad Grande”. El Tribunal de Lima toma jurisdicción sobre Panamá, Quito, el Cuzco, Charcas, Río de la Plata, Tucumán, Concepción, Santiago de Chile y todos los reinos de las provincias del Perú.
El 15 de noviembre de 1573 se realiza en Lima el primer auto de fe en el cual Mateo Salado, de nacionalidad francesa fue “relajado”, es decir, quemado por ser luterano.
Hernando Alonso, un criptojudío fue quemado vivo en el primer auto de fe que se realizó en la ciudad de México en 1528. Fue sorprendido por Hernán Cortés “judaizando a los indígenas en secreto.
La Inquisición en el Nuevo Reino de Granada. El Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición de Cartagena de Indias fue establecido el 26 de septiembre de 1610 por los Inquisidores Juan de Mañosca y Mateo de Salcedo, quienes zarparon de Cádiz el 24 de junio de 1610; este Tribunal tenía jurisdicción en los arzobispados de Santo Domingo y Santafé, y los obispados de Cartagena, Panamá, Santa Marta, Puerto Rico, Popayán, Caracas y Santiago de Cuba.
La instalación en Cartagena de la Inquisición fue mirada con malos ojos, no sólo por el pueblo, sino también por las autoridades civiles y eclesiásticas.
En los primeros meses de 1647 llega don Pedro de Medina Rico con el fin de investigar la sede de Cartagena, abre un expediente de su visita, en el cual declaran bajo la gravedad del juramento 231 testigos, como principales sindicados aparece el Inquisidor Don Juan Pereira Castro con 115 cargos, el Inquisidor Don Juan Bautista Villadiego con 64 cargos, por amistad con los judíos penitenciados, el fiscal Don Bernardo de Eyzaguirre; de haberse apropiado de dinero, el Inquisidor Licenciado Don Juan Ortiz es acusado de cohecho y el Notario Uriarte Argaiz con cargos por soborno.
La decadencia del Tribunal de Cartagena empezó desde fines del siglo XVII. Hubo épocas en que no tuvo asuntos en qué ocuparse, y en todo el siglo XVIII el trabajo fue casi nulo y ya no valía la pena mantener la Institución. El 12 de noviembre de 1811 el Presidente de la Junta de Gobierno de Cartagena ya proclamada liberta, notificó el desahucio del Palacio de la Inquisición. El 7 de agosto de 1819 con la victoria del Puente de Boyacá, se derrumba definitivamente también la Inquisición en la ciudad de Santafé de Bogotá